それはリポリンの一言から始まった――「リーダーたち、付き合ってんです？」。そうしてゲンジが語り始めたのは、コクラセが始まる一年前のこと、ゲンジとメグが出会うきっかけとなった出来事だった……！
優れた成績で特別科に転校しながら、学校に虚しさを覚えていた美少女メグ。彼女は特別科と普通科の屋上で二人の少年に出会い、興味をひかれる。一人は自らを「支配層」と語る残酷な少年、レン。もう一人はグータラでズボラな少年、ゲンジ。メグは二人を天秤にかけて、どちらが勝つのかを試し始める。とはいえゲンジの勝ち目は薄そうで……。
怪しくダークな羽里高校を舞台に、ありし日のメグミや無印版のキャラなど、お馴染みの登場人物が次々に登場！ コクラセ誕生前夜、いったいゲンジは何を”やらかした”のか！？